PyMOL学习日志(二):插件(蛋白质-配体建模)

承接上文介绍可视化与分析增强插件,本文讨论蛋白质-配体建模类插件。

Optimize

代码仓库位置: https://github.com/Pymol-Scripts/Pymol-script-repo/
最后一次更新:2017/01/14(截止2019/07/18)
目标Python版本:Python3/Python2
版权声明:MIT

可以最小化选定部分的能量

tCONCOORD‐GUI

代码仓库位置:不适用
==>项目位置:http://wwwuser.gwdg.de/~dseelig/tconcoord.html
最后一次更新:未知(截止2019/07/18)
目标Python版本:未知
版权声明:未知

404 Not Found

LigAlign

代码仓库位置:不适用
==>项目位置:http://compbio.cs.toronto.edu/ligalign/index.html
最后一次更新:2010/08/24(截止2019/07/18)
目标Python版本:Python2
版权声明:类似MIT

可能那个时代还不流行单元测试吧,需要对下载下来的1.0.0版做一些微调才能用:
1、ligalign/similarityDB/sim_85改名为ligalign/similarityDB/ligSimilarity_0.85.pdbIDlist
2、ligalign/ligand_alignment.py中的1356行,except CmdException块中,无论如何将error变量置为False
这样就能用了。

LigAlign

Kabsch

代码仓库位置:不适用
最后一次更新:未知(截止2019/07/18)
目标Python版本:未知
版权声明:未知

对齐蛋白,推荐使用PyMOL内置的指令fit、cealign或者super。详见https://pymolwiki.org/index.php/Kabsch

PharmDock

代码仓库位置:不适用
==>项目位置:https://people.pharmacy.purdue.edu/~mlill/index.shtml
最后一次更新:2013/07/15(截止2019/07/18)
目标Python版本:Python2
版权声明:未知

仍需要Debug

MLP GLOD

代码仓库位置:不适用
==>项目位置:http://mlptools.altervista.org/
最后一次更新:未知(截止2019/07/18)
目标Python版本:未知
版权声明:未知

404 Not Found

LIQUID

代码仓库位置:不适用
==>项目位置:http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/liquid/index.html
最后一次更新:未知(截止2019/07/18)
目标Python版本:未知
版权声明:未知

404 Not Found

DrugOn

代码仓库位置:不适用
==>项目位置:http://bioinfoteam.com/software.html
==>曲线救国:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4304849/#supplemental-informationtitle
最后一次更新:2015/01/13(截止2019/07/18)
目标Python版本:不依赖Python
版权声明:未知

依赖北京大学分子设计实验室开发的LigBuilder。有点想弃之食锅。

POCKETPICKER

代码仓库位置:不适用
==>项目位置:http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/pocketpicker/index.html
最后一次更新:未知(截止2019/07/18)
目标Python版本:未知
版权声明:未知

404 Not Found

AutoDock/VINA

代码仓库位置:https://github.com/Pymol-Scripts/Pymol-script-repo/
最后一次更新:2018/06/27(截止2019/07/18)
目标Python版本:Python3/Python2
版权声明:类似CC署名

作为调用AutoDock/VINA的插件,需要外部安装AutoDock/VINA方可使用。

FlexAID

代码仓库位置:不适用
==> 项目位置:http://biophys.umontreal.ca/nrg/resources.html
最后一次更新:未知(截止2019/07/18)
目标Python版本:Python2
版权声明:未知

建议直接替换为同实验室出品的NRGsuite,此外对配体有最多200个原子的限制。

PyMOL & NRGsuite

PyMod

代码仓库位置:不适用
==> 项目位置:http://schubert.bio.uniroma1.it/pymod/index.html
最后一次更新:2017/11/03(截止2019/07/18)
目标Python版本:Python2
版权声明:未知

用于蛋白质序列相似度搜索,多序列-结构对齐,同源建模。——译自项目首页。所以这和蛋白质-配体建模有什么关系┑( ̄Д  ̄)┍

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