PyMOL学习日志(二):插件(可视化与分析增强插件)

从2017年的一篇文章所列举的插件列表开始调查(WIREs Comput Mol Sci 2017,e1298. doi: 10.1002/wcms.1298)

BondPack

代码仓库位置:https://github.com/rasbt/BondPack
最后一次更新:2016/08/19(截止2019/07/18)
目标Python版本:Python2
版权声明:GPLv3

BondPack正如其名是一组工具组成的软件包,软件包包含三个工具HydroBond、BondVis和BondLab。其中HydroBond工具可以在用户选定的距离范围内,将所有蛋白与配体潜在的极性相互作用可视化;BondVis则可以根据用户提供的原子对,将这些原子对之间的键可视化;BondLab则进一步提升了BondVis可视化的能力,可以自定义BondVis所生成的键的外观。

尚未进行测试

DynoPlot

代码仓库位置: https://github.com/Pymol-Scripts/Pymol-script-repo/
最后一次更新:2017/05/04(截止2019/07/18)
目标Python版本:Python3/Python2
版权声明:未声明

用于绘制拉氏图,或者直白一点叫做α-碳与酰胺平面交角图。虽然用起来很方便,但是画出来的图,至少从美学上讲,还是有很大进步空间的。

已在PyMOL 2.3.0中测试

Sculpting

代码仓库位置:不适用
最后一次更新:2002/07/18(截止2019/07/18)
目标Python版本:Python3/Python2
版权声明:未声明

原文献其实对这个“插件”的描述过于激进,称其为“Real-time energy minimizer”。而这个“插件”不过是2002年开发者在回复PyMOL关于分子塑造[参阅]时,提到的一种PyMOL自身具有的功能。需要指出的是开发者对这项功能只是说“works like a real-time energy minimizer”并且“I’m not sure the sculpting feature is more than entertainment

尚未进行测试

CMPyMOL

代码仓库位置:https://github.com/emptyewer/CMPyMOL
最后一次更新:2017/08/28(截止2019/07/18)
目标Python版本:Python2
版权声明:MIT

比起插件,更像是对PyMOL的一层包装,毕竟作为插件应该是以PyMOL作为框架来实现一些功能,而这个则是另起炉灶,再以远程过程调用PyMOL实现其功能,将PyMOL作为了一种底层平台。CMPyMOL可以用于分析蛋白质的相互作用,生成Contact Map、Heat Map和Histogram。(吃了没文化的亏,不知道这些图该怎么用,感觉在机器学习上会有奇效)

cmpymol demo

已在PyMOL 2.3.0中测试

MOLE

代码仓库位置:不适用
==>项目地址: http://webchem.ncbr.muni.cz/Platform/App/Mole
==>在线版本地址: https://mole.upol.cz/
最后一次更新:2017/04/24(截止2019/07/18)
目标Python版本:Python2
版权声明:通常使用不需付费

自称全平台支持(Win、Linux、MacOS),其实是用.Net写了个Windows下的二进制应用,然后说你可以用Mono装到另外两个平台┑( ̄Д  ̄)┍
可以作为PyMOL的插件,但需要已安装MOLE;不支持PyQt,需要以Tk方式编译得到的PyMOL;因此直接使用MOLE本体可能会更好。

Mole

尚未进行测试

CAVER

代码仓库位置:不适用
==>项目地址: https://www.caver.cz/index.php?sid=199
最后一次更新:(截止2019/07/18)
目标Python版本:Python2
版权声明:通常使用不需付费

似乎是用于计算通道的?安装相对简单,下载得到的压缩包,解压后修改对应操作系统命名的文件夹中的Python代码中的Caver3路径。安装插件时选择从文件安装,文件选取上一步修改代码的Python文件。

已在PyMOL 2.3.0中测试

PyANM

代码仓库位置: https://github.com/Pymol-Scripts/Pymol-script-repo/
最后一次更新:2017/11/04(截止2019/07/18)
目标Python版本:Python3/Python2
版权声明:类似署名-禁止衍生

计算各向异性网络模型,才疏学浅,其意义尚不明确。延伸阅读https://doi.org/10.1016/S0006-3495(01)76033-X

已在PyMOL 2.3.0中测试

BNI Tools

代码仓库位置: https://github.com/Pymol-Scripts/Pymol-script-repo/
最后一次更新:2019/02/16(截止2019/07/18)
目标Python版本:Python3/Python2
版权声明:类似署名-禁止衍生

就是,buff了一下PyMOL的选取和显示的功能。

已在PyMOL 2.3.0中测试

DSSP & Stride Plugin for PyMOL

代码仓库位置:http://www.biotec.tu-dresden.de/~hongboz/dssp_pymol/dssp_pymol.html
最后一次更新:2011/04/28(截止2019/07/18)
目标Python版本:Python2
版权声明:类似署名-禁止衍生

使用外部程序DSSP和Stride计算蛋白质的二级结构,并以二级结构类型上色。说到底是一个把PyMOL和DSSP与Stride粘起来的胶水。

DSSP & Stride Plugin for PyMOL

已在PyMOL 2.3.0中测试

APBS

代码仓库位置: https://github.com/Pymol-Scripts/Pymol-script-repo/
最后一次更新:2019/02/16(截止2019/07/18)
目标Python版本:Python3/Python2
版权声明:类似署名-禁止衍生

PyMOL 2.x自带的一个插件,调用APBS计算蛋白质的电荷分布情况,同时APBS本身需要PDB2PQR将pdb蛋白质文件转换为适合APBS的pqr文件。

已在PyMOL 2.3.0中测试

MLPTool

项目已终止

Azahar

代码仓库位置:https://github.com/BIOS-IMASL/Azahar/
最后一次更新:2018/08/30(截止2019/07/18)
目标Python版本:Python3/Python2
版权声明:MIT

用于显示与分析糖链。

Azahar Plugin

已在PyMOL 2.3.0中测试

PyTMs

代码仓库位置: https://github.com/Pymol-Scripts/Pymol-script-repo/
最后一次更新:2017/11/14(截止2019/07/18)
目标Python版本:Python3/Python2
版权声明:GPLv2

诶,能用;但是不懂它是干什么的,说是能修饰蛋白残基,但可能我眼神不好?

已在PyMOL 2.3.0中测试

PLIP

代码仓库位置:https://github.com/ssalentin/plip
==>项目位置:https://projects.biotec.tu-dresden.de/plip-web/plip/index
最后一次更新:2018/05/30(截止2019/07/18)
目标Python版本:Python3/Python2
版权声明:GPLv2

可以直接从pip安装,用以表征蛋白质与其他配体之间的非共价作用,与其说是PyMOL的插件,倒不如说它只是用PyMOL来可视化而已。延伸阅读doi: 10.1093/nar/gkv315

Plip

不适用测试

eMovie

代码仓库位置: https://github.com/Pymol-Scripts/Pymol-script-repo/
最后一次更新:2017/06/02(截止2019/07/18)
目标Python版本:Python3/Python2
版权声明:未声明

感动人心的插件,比起用命令行制作动画,不知道高出多少个华莱士。

eMovie

已在PyMOL 2.3.0中测试

ProMOL

代码仓库位置:未知
==>项目位置:http://www.promol.org
最后一次更新:2015/10/05(截止2019/07/18)
目标Python版本:Python2
版权声明:GPLv2

诡异的安装方式,且未尝成功安装。

测试失败

Average3D

代码仓库位置:未知
==>项目位置:http://muralab.org/~cmura/PyMOL
最后一次更新:2005/08 (可能)(截止2019/07/18)
目标Python版本:Python2
版权声明:未知

网站响应时间过长。jpg

测试失败

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